Царствование Федора Ивановича характеризуется со­средоточением государственного управления в руках его шурина, боярина Бориса Годунова. Его внутренняя политика была направлена на дальнейшее укрепление государствен­ности. В 1589 г. в России было учреждено патриаршество. Первым патриархом стал московский митрополит Иов. Од­ной из важнейших задач было преодоление хозяйственного кризиса, вызванного Ливонской войной. Хозяйственный кризис 1570-х — начала 1580-х гг. вынудил в 1597 г. издать указ об «урочных летах», согласно которому крестьяне, бежавшие от господ, в течение 5 лет подлежали сыску, суду и возвращению назад. По инициативе Годунова при Федоре Ивановиче торговцы и ремесленники, проживав­шие в «белых» слободах (частновладельческих, плативших подати крупным феодалам), были причислены к населению «черных» слобод (плативших налог — «тягло» — государ­ству). При этом размер «тягла», взимавшегося со слободы в целом, был оставлен в прежнем размере, а доля отдельного горожанина в нем уменьшилась. При Федоре Ивановиче в России развернулось небывалое строительство городов. Так, на Волге были построены Самара, Царицын, Саратов. Началось заселение и освоение опустевших во время ига зе­мель к югу от Рязани. В 1591 г. в Угличе при невыясненных обстоятельствах погиб царевич Дмитрий. Это впоследствии привело к возникновению в России самозванства.

Во внешней политике основными направлениями были северо-западное, западное и южное. На северо-западе ос­новной задачей было возвращение земель, утраченных после Ливонской войны, из-за чего в 1590—1595 гг. Россия вела войну со Швецией. На западе необходимо было обеспечить безопасность от возможной агрессии Речи Посполитой. С этой целью в 1596 г. русский зодчий Ф. С. Конь начал строительство смоленской крепости, закрывавшей дорогу к столице. На юге нужно было обеспечить безопасность от набегов крымских татар, для чего в 1585 г. была построена крепость Воронеж, в 1586 г. — Ливны. В 1592 г. был восста­новлен город Елец, в 1596 г. — построен город Белгород, а в 1591 г. был отражен набег крымских татар на Москву.

При Федоре Ивановиче были достигнуты положитель­ные результаты во внутренней и внешней политике: в целом преодолен хозяйственный кризис, построено много городов, облегчилось положение посадских людей. Учреждение па­триаршества свидетельствовало о росте престижа России. У Швеции были отвоеваны города Ям, Ивангород, Копорье, Корела. Строительство укреплений значительно обезопасило центр России от набегов крымских татар. Однако на этом фоне происходило дальнейшее закрепощение крестьян.

Со смертью Федора Ивановича пресеклась москов­ская линия династии Рюриковичей. Прозванный за свою набожность Блаженным, Федор Иванович, хотя и не был причислен к лику святых, все же был признан таковым патриархом Иовом, который составил его житие.